protifi產品簡介

ProtiFi 為組學研究開發技術和產品。

組學是對整個生物分子群體的分析，通常是一類特定的生物分子。它包括基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、糖組學、代謝組學和脂質組學等領域。組學技術產生關于健康和疾病狀態的大量細節，并將支持個性化醫療。然而，將研發組學轉化為臨床相關性仍然很困難。具體而言，由于樣本處理不當、缺乏真正的多組學分析和數據分析軟件的局限性，進展受到阻礙。只有解決這些問題，組學才能產生可??操作的生物學見解，如診斷。 
 
樣品制備一直是導致整體組學數據變異的最大因素。 不正確的樣品制備會顯著降低靈敏度并導致較大的觀察偏差。此外，傳統的樣品制備包括破壞除正在研究的分子以外的所有分子類別，*排除了真正的多組學方法。然而，疾病的標記存在于每一類生物分子中。因此，全面了解生物狀態需要標準的多組學樣品制備方法。

多組學帶來了自己的挑戰。當前的計算工具通常是為一類特定的生物分子設計的。工具經常使用非理想的統計數據并且無法報告結果的可信度。重要的是，可用的工具是為組學專家設計的，而不是為醫學和生物學研究人員等最終用戶設計的，他們的特定領域專業知識對于最大限度地理解和洞察至關重要。

ProtiFi 開發了多種技術和產品來應對這些挑戰并將組學研究推向臨床應用：

(1)  S-Trap用于快速、可重復的蛋白質組學樣品制備
(2) Si-Trap用于高效同時處理多組學中的單個樣品
(3) Tryp-N，一種蛋白酶，可在更好的條件下提供更清晰的 MS/MS 譜圖檢測極限
(4) SimpliFi ，數據可視化軟件，使研究人員能夠輕松探索他們的數據及其含義

蛋白質組學是研究蛋白質群體的科學，蛋白質是細胞的主力。蛋白質是高度動態的，會根據細胞類型、年齡和健康狀況而變化。這些蛋白質表達的狀態依賴性變化產生了關于生物體當前狀況的信息寶庫。因此，蛋白質組學可用于廣泛的研究。例子包括疾病及其進展的檢測、藥物反應、食物的特性和質量、感染狀態和微生物腸道健康，以及許多其他問題。盡管這種深入的知識具有巨大的潛力，但蛋白質組學一直受到樣品制備、樣品重現性、靈敏度和數據分析方面的問題的阻礙。ProtiFi 針對這些問題開發并商業化了解決方案。

S-Trap ™

S-Trap 是一種易于使用的樣品制備系統，即使是新手也能以自動化格式提供簡單性和重現性。S-Trap 是通用的：它可以處理從純血清到復雜樣品（例如食物、糞便、痰液或聚合物污染的生物反應器上清液）的所有樣品。

 

Tryp-N ™

Tryp-N 是一種工程蛋白酶，可提供簡化的光譜并提高 MRM 檢測的靈敏度。

 

SimpliFi ™

SimpliFi 是將難以捉摸的數據提煉成科學意義的軟件；它非常直觀和直接，即使是蛋白質組學的新手也可以進行組學數據分析。SimpliFi 采用可靠的統計數據，不會做出錯誤假設，以可靠地返回您可以信賴的結果。

S-Trap ™樣品處理技術是方便的離心柱或可自動化的 96 孔板，能夠在蛋白質組學樣品制備中使用 SDS。SDS 是一種幾乎通用的蛋白質溶劑，它甚至可以溶解溶解性差的分子，如膜蛋白，這些分子通常以顆粒形式丟棄。S-Trap ™樣品處理開始于樣品裂解和溶解在 5% SDS 中。蛋白質通過酸化至 pH < 1 并隨后暴露于高濃度甲醇而進一步變性。這種三階段變性確保*破壞不需要的酶活性，如蛋白酶和磷酸酶，并最大限度地提高下游消化的效率。還原和烷基化可以在 5% SDS 中進行，防止沉淀，或者在變性蛋白質被捕獲后在柱上進行。

變性、未消化的蛋白質通過離心、正壓或真空與 S-Trap 結合。多重弱親和力相互作用將未消化的蛋白質保留在衍生化二氧化硅 S-Trap 的孔中。捕獲的蛋白質具有最大的表面積，允許它們在幾分鐘內*洗掉所有污染物：去污劑、PEG、甘油、去污劑、鹽、Laemmli 上樣緩沖液等

。添加您選擇的蛋白酶后，物理限制在陷阱的亞微米孔迫使底物和蛋白酶相互作用以產生快速消化。捕集阱對消化后洗脫的肽沒有親和力。

S-Traps 可用作離心柱、96 孔板或帶有預制緩沖液的完整試劑盒，以方便、縮短準備時間和一定程度地重現。96 孔板與多個自動化平臺兼容，包括 Tecan A200 正壓工作站和 Agilent Bravo。

Tryp-N ™是冷泉港實驗室 (CSHL) 設計的一種嗜熱金屬蛋白酶，對精氨酸和賴氨酸具有 N 端特異性。Tryp-N ™通過產生肽的基本中心——K/R 的氨基末端和側鏈——位于一起以產生以 b 離子為主的光譜，從而提供清晰的光譜和更高的靈敏度。Tryp-N 已被證明可產生簡化的 MS/MS 碎裂并具有最佳的蛋白水解活性。¹ Tryp-N 譜圖提供互補的離子系列以補充胰蛋白酶，使您能夠更輕松地找到并具體定位 PTM。PTM 的 PTM 識別和定位，例如 YST 簇中的磷酸化，以及從頭測序。此外，由于離子電流在 MRM 分析的碎裂過程中保留在 b 離子上，而不是在胰蛋白酶肽的兩個帶電末端之間被稀釋，因此靈敏度通常會提高。

作為一種嗜熱酶，消化可以在幾分鐘到幾小時內完成，而不是一夜之間。添加 EDTA 以實現可重現的部分消化并增加序列覆蓋率，可以輕松控制消化。Tryp-N ™裂解不受脯氨酸或賴氨酸甲基化的影響。在更高的溫度下——T opt為 65 °C——蛋白質會變性，有助于分析難以消化的蛋白質。Tryp-N ™在各種實驗條件下都非常穩定，包括 pH (5-11)、緩沖液、離子強度和去污劑。在更高的溫度下，內源性酶會變性并失去活性，這是處理討厭的磷酸酶和蛋白酶的有用方法。

Tryp-N 蛋白酶的速度、特異性、易用性和整體有效性，再加上其提供更多可解釋光譜的能力，使其成為蛋白質組學工具包的重要組成部分。

SimpliFi 是一個可通過瀏覽器訪問的在線平臺，可將組學數據轉化為生物學理解。所有技能水平的用戶都可以探索和可視化他們的數據，以了解生物狀態并形成假設。SimpliFi 接受并整合來自任何方法（蛋白質組學、脂質組學、代謝組學、轉錄組學等）的各種量化組學數據，并將數據提煉成干凈、交互式的豐富差異表達通路、GO 富集、細胞標記、蛋白質-蛋白質相互作用網絡的顯示和分子水平的分類。UniProt 和 ChEBI 標識符產生最多的效用，只需單擊鼠標右鍵即可導出所有結果。

SimpliFi *采用非參數統計和重采樣方法，對生物重復的生物變異進行建模，并將觀察到的差異解釋為生物變異、樣本和觀察數量以及測量誤差的函數。這種方法正確地解決了非高斯生物學分布和組學測量的強度依賴性：1 對 2 計數與 1000 對 2000 計數不同。SimpliFi 使用引導和重采樣方法來始終計算和顯示 p 值和折疊變化的置信區間。允許并考慮缺失值。SimpliFi 還提供標準統計檢驗（t 檢驗、Wilcoxon、重采樣）并強制執行批次控制和異常值分析（Pearson 相關性、PCA、層次聚類），然后再啟用進一步的數據可視化、探索或分析。如果檢測到批次、運行順序影響或異常值，用戶會收到警告。 

SimpliFi 在 GPU 上運行以促進對大型數據集的分析。

protifi產品貨號如下：

貨號	品名	規格
C02-96well-1	96-well S-Trap™ plate (100 – 300 μg per well)	1 plate
C02-midi-10	S-Trap™ midi columns (≥ 300 μg)	10 Pack
C02-mini-10	S-Trap™ mini columns (100 - 300 μg)	10 Pack
K01-10	Tryp-N™ Kit	10 μg
C02-micro-10	S-Trap™ micro columns (≤ 100 μg)	10 Pack
K02-mini-10	S-Trap™ mini kit (10x 100 – 300 μg)	10 Pack
K02-micr0-10	S-Trap™ micro kit (10x ≤ 100 μg)	10 Pack